2006年教育部科技司委托本会组织开展了“首届中国高校精品·优秀·特色科技期刊奖”和“2006年高校科技期刊优秀编辑工作者及优秀编辑学论著”评比活动。颁奖大会暨五届三次理事会议于2006年11月21—25日在江西南昌召开。11月20日晚召开五届五次常务理事会议，40位常务理事或常务理事的代表出席了会议。会议讨论通过了颜帅理事长所做的《研究会2006年工作总结及明年工作要点》，并决定提交五届三次理事会议审议。会议还研究了组织工作，对颁奖大会暨五届三次理事会议议程做了适当安排。

11月21日上午召开了五届三次理事会议。会议由秘书长郑进宝主持。会议审议通过了《研究会2006年工作总结及明年工作要点》，并通过了五届五次常务理事会议有关组织工作的决定。出席会议的领导有教育部科技司综合处张建华处长，新闻出版总署办公厅杜大力处长，江西省高校学报研究会常务副会长、南昌大学副校长甘筱青教授。

颁奖表彰大会随后举行。50位获奖单位和个人代表上台领取了奖状和证书。

颁奖完毕后，颜帅理事长做了题为《肯定成绩，认识不足，明确方向，再接再厉》的评比总结报告（全文另发）。佟建国副秘书长做了《关于首届中国高校精品、优秀科技期刊学术质量评价的说明》的报告。张建华处长发表专题演讲。

21日下午杜大力处长做了题为《出版发行改革过程中科技期刊的现状、问题及对策》的特邀报告。他分析了我国科技期刊的现状、目前存在的问题，并呼吁为科技期刊的发展创造良好氛围。随后，精品、优秀、特色期刊以及优秀编辑工作者、优秀论著作者获奖代表分别交流了经验。22日上午，副理事长姚远、《清华大学学报（自然科学版）》编辑部陈禾、张莉以及佟建国分别做了题为《高校科技期刊现状调查与分析》《高校科技期刊（中文版）发展战略研究》《高校英文科技期刊发展战略研究》《高校科技期刊评价研究》的报告。Springer出版社北京办事处的张律向大会进行了《网络环境下学术期刊的出版》的演讲。最后，由中国科技信息研究所张玉华向与会代表做了《共同努力，提高我国高校科技期刊的学术影响》的报告。张玉华详细比较了高校学报与我国全部期刊主要指标平均值、我国期刊在国际上的地位和影响，并指出如何提高论文的被引率。

11月23日至11月25日，大会安排与会代表赴井冈山等革命圣地进行考察。